Die Geschichte von S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky bringt den Spieler zurück in die Zone, ein Jahr vor die Ereignisse von Shadow of Chernobyl. Eine Gruppe von Stalkern hat zum ersten Mal das Herz der Zone erreicht - das Kernkraftwerk von Tschernobyl - und verursacht einen unglaublichen Blowout, der die Zone in Ihren Grundfesten erschüttert. In Clear Sky erleben Sie eine neue Sichtweise auf die Geschehnisse in der Zone. Schließen Sie sich einer Fraktion an, kämpfen Sie um die Oberhand in der Welt von